目前 HPV 檢測的主要檢測對象，是製造病毒外殼蛋白的 L1基因。
但研究顯示，最關鍵的致癌基因 E6/E7 在嵌入子宮頸細胞 DNA 過程中，L1 基因可能會被切除（L1 deletion），造成 5-10% 子宮頸癌個案的 HPV 偽陰性結果。若是直接檢測 E6/E7 致癌基因，則偽陰性檢測結果的發生率極低。
文獻出處
- 題目：Cervical cancer screening: which HPV test should be used — L1 or E6/E7?
- 作者：A.A. Tjalma, MD
Department of Gynecology, Multidisciplinary Breast and Gynecologic Oncology Clinic, Antwerp University – Hospital, University of Antwerp, Antwerpen, Belgium - 出處：European Journal of Obstetrics & Gynecology and Reproductive Biology 170 (2013) 45–46.
HPV （人類乳突病毒）的持續感染與子宮頸癌的發生有絕對的相關性。因此，要預防子宮頸癌，除了定期子宮頸抹片檢查，也包括進行 HPV 檢測。
然而，並非所有的 HPV檢測都是相同的！
婦產科醫師 Tjalma 指出，不同的 HPV 檢測方法之間，存在巨大的差異。臨床醫師並不需要知道腫瘤標記 CA-125 的檢驗原理，不同廠牌儀器、試劑，最多就是偵測極限的高低不同，但 HPV 檢測完全不一樣。臨床醫師應該詳細瞭解，以 E6/E7 與 L1 為檢測目標的 HPV 檢測方法之間的差異，更能早期檢測出可能造成癌變的 HPV 感染，輔助預防子宮頸癌。
真正的致癌關鍵—HPV E6/E7 致癌基因
HPV 會導致子宮頸細胞產生癌變的關鍵因子是 HPV 的 E6/E7 oncogene（致癌基因），研究發現，HPV 的 E6/E7 致癌基因會嵌入子宮頸細胞的 DNA，造成細胞分裂失控而致癌；而 HPV 的 L1 基因功能為 HPV 製造病毒外殼蛋白（capsid protein），並不具有致癌性。
圖 1 – 隨著子宮頸癌變進程，E6/E7 mRNA 數量增加，L1 DNA 則減少。
HPV 致癌基因嵌入子宮頸細胞 DNA 的比率，隨著子宮頸癌化的嚴重程度而增加。研究顯示，在良性的生殖道疣或低度鱗狀上皮病變（CIN1），並不會有 HPV 病毒基因嵌入子宮頸細胞 DNA 的狀況，但在 HPV 16 型、18 型、45 型（造成子宮頸癌最具相關性的三個 HPV 型別）相關的子宮頸癌，HPV 病毒基因嵌入的比率分別為 55–80%, 83% 與 92–100%。
而 HPV 病毒基因在嵌入時，病毒 L1 基因被切除（L1 deletion）的機率高達 5-10%。因為目前市面上所有的 HPV DNA 檢測都是以 L1 基因為檢測目標，若 HPV 在嵌入時發生 L1 deletion，就會產生 HPV 偽陰性（false negative）的檢測結果。
相對來說，HPV 的 E6/E7 致癌基因在病毒嵌入時是不會被切除的，意即以 E6/E7 致癌基因為檢測目標，HPV 偽陰性檢測結果的發生率極低。
圖 2 – HPV DNA 檢測會因為 L1 切除，造成 5-10% 子宮頸癌個案的 HPV 偽陰性結果。
HPV L1檢測陰性、但E6/E7檢測陽性的趨勢
研究指出，與 HPV 16 型相關的高度鱗狀上皮病變（HSIL），有 0.3% CIN2 與 3.94% CIN3，呈現 HPV L1 檢測陰性，而 E6/E7 檢測陽性；而 HPV 18 型相關的高度鱗狀上皮病變（HSIL），也有 HPV L1 檢測陰性，而 E6/E7 檢測陽性的趨勢。
根據全球統計，以 L1 與 E6/E7 方法來偵測 HPV 16, 18，兩種型別的差異分別是 91.7% 與 72.1%。這表示，以 HPV L1 DNA檢測，將會有 8.3% HPV 16 感染者與 27.9% HPV 18 感染者漏失，呈現偽陰性的結果。
圖 3 – 只用HPV DNA檢測將會漏失子宮頸癌個案。
Hologic Aptima HPV 檢測經美國、台灣FDA 核可，是針對 E6/E7 mRNA 的檢測方法，避免 HPV DNA 檢測 L1 deletion 的偽陰性結果。
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